В исследовании в качестве активных участников региональной экономической системы и трансформационных процессов в ней рассмотрены учёт и аудит. Проанализированы место и роль системы учёта в экономике на микро-, мезо-, макро- и мега- уровнях с акцентом на региональном уровне. Выполнена сравнительная характеристика ведения учёта для разных сфер экономической деятельности – банковской, бюджетной, коммерческой, некоммерческой. Разработана организационно-информационная модель аудита, применимая для любых объектов аудиторской проверки, формируемых в системе финансового учёта. Обозначены проблемы развития системы учёта и аудита на примере экономики Донецкой Народной Республики до и после вхождения в состав Российской Федерации, их встраивания в общероссийскую систему, предложены пути решения организационных, методических и кадровых проблем.